De vereiste voor omgevingsanalyse en -controle is op drie segmenten van toepassing:
Voor binnenkomende grondstoffen is een analyse van de natuurlijke microflora vereist voordat deze kunnen worden geïntegreerd in het productieproces
tijdens de voedselverwerking kunnen micro-organismen worden vernietigd (verhittingsproces...) of door stress -
Bij sommige vormen van voedselverwerking worden micro-organismen toegevoegd aan het proces (fermentatie…)
Het ecosysteem van het eindproduct wordt gescreend met inbegrip van bederf & pathogene micro-organismen en toxinen
Omgevingsbesmetting kan gedurende het hele proces plaatsvinden via de lucht, oppervlakken of mensen